Sky Wizards Academy transcurre en un mundo en el que unos monstruosos insectos mágicos han expulsado a la humanidad de la superficie y la han confinado en ciudades flotantes, obligando a los últimos asentamientos humanos a depender de defensas aéreas y de academias especializadas en magia. En esta sociedad precaria, el entrenamiento de combate no es un mero trámite, sino una necesidad, y se espera que cada escuadrón haga frente a las criaturas que aún amenazan el cielo sobre sus cabezas.
En el centro de Sky Wizards Academy está Kanata Age, un combatiente excepcional que en otro tiempo fue celebrado como el Espadachín Maestro Negro, antes de ser tachado de traidor. Cuando le ofrecen una oportunidad de redención, le asignan la tarea de enseñar al equipo E601, una unidad problemática formada por Misora Whitale, Lecty Eisenach y Rico Flamel. Su avance está marcado por el choque de personalidades, la falta de disciplina y la presión del combate aéreo, mientras Kanata se ve obligado a convertir sus debilidades en un equipo operativo. A medida que entrenan juntos, la serie se centra en la supervivencia, la confianza y la difícil tarea de convertirse en defensores dignos de su mundo flotante.