Durante los últimos tres años, la Escuela Secundaria Teikou ha dominado la escena nacional del baloncesto con su legendaria alineación: la "Generación de Milagros". Estaba compuesta por cinco prodigios que sobresalían en el deporte, pero un "Sexto Hombre Fantasma" se ocultaba en las sombras y ayudaba a ganar al equipo su estatus reverenciado. Con el tiempo, su monstruoso crecimiento los desilusionó del deporte que amaban y los llevó a tomar caminos separados en la secundaria.
En busca de nuevos miembros, el equipo de baloncesto de la Escuela Secundaria Seirin recluta a Taiga Kagami y Tetsuya Kuroko, dos estudiantes de primer año que parecen tener diferencias significativas en sus habilidades. Recientemente regresado de América, Kagami tiene tanto una aptitud natural como un amor inquebrantable por el deporte. Mientras tanto, Kuroko carece de presencia y no muestra ningún talento atlético sobresaliente. Sin embargo, se revela más tarde que él es el Sexto Hombre Fantasma de Teikou: el jugador que una vez formó parte de la Generación de Milagros.
Kuroko quiere demostrar al equipo de Seirin que es fuerte a su manera. Al ver su convicción, Kagami forma una dinámica asociación con Kuroko, quien promete apoyar la "luz" de Kagami como su "sombra". Junto a sus nuevos compañeros de Seirin, aspiran a conquistar el próximo campeonato de Interhigh, pero la reaparición de los antiguos compañeros de Kuroko complica su plan.
