En Kuragehime, Tsukimi Kurashita es una joven de 19 años cuyo amor por las medusas comenzó cuando su difunta madre la llevó por primera vez a un acuario y le enseñó a ver sus tentáculos ondulantes como los pliegues del vestido blanco de una princesa. Vive con otras cinco mujeres otaku desempleadas en un apartamento reducido, donde la ansiedad social, las rutinas privadas y el sueño de convertirse algún día en ilustradora marcan cada jornada. Para Tsukimi, la vida marina que adora es más que un pasatiempo: es lo único que la hace sentirse menos sola, y el frágil equilibrio de esa vida depende de mantener al mundo exterior a raya.
Ese equilibrio se rompe cuando una mujer glamurosa la ayuda a salvar a una medusa en una tienda de mascotas del barrio. La desconocida pronto empieza a visitar el edificio de las chicas, deslumbrando a todas con un estilo impecable y una seguridad desenfadada que parecen pertenecer a otro mundo. Detrás de esa imagen se encuentra Kuranosuke Koibuchi, un universitario adinerado con sus propios secretos, y su presencia arrastra a Tsukimi a un entorno social mucho más caótico y visible.
A medida que Kuranosuke sigue apareciendo en sus vidas, el apartamento se convierte en un inesperado cruce entre las costumbres protegidas de las otaku y la presión de enfrentarse a un mundo que Tsukimi preferiría evitar, poniendo a prueba hasta qué punto puede seguir escondiéndose antes de verse obligada a dar un paso al frente.