Kubo-san wa Mob wo Yurusanai sigue a Junta Shiraishi, un estudiante de instituto que no desea otra cosa que vivir su juventud como cualquier otro. El problema es que pasa tan desapercibido que incluso sus profesores a menudo no se dan cuenta de que está ahí, y empiezan a circular rumores de que cualquiera que consiga verlo tendrá buena suerte.
Solo Nagisa Kubo, la chica sentada justo a su lado, nunca lo pierde de vista. En lugar de dejarlo en paz, se propone sacarlo del fondo, arrastrándolo una y otra vez a situaciones incómodas y juguetonas. Lo que comienza como una serie de bromas termina convirtiéndose poco a poco en algo más tierno y revelador, mientras Shiraishi descubre que ser visto por Kubo puede ser el primer paso hacia la juventud animada e inolvidable que siempre ha deseado.
Ambientada en el ritmo cotidiano de la vida escolar, Kubo-san wa Mob wo Yurusanai combina una comedia serena con una dulce tensión romántica, y utiliza la traviesa insistencia de Kubo y la casi invisibilidad de Shiraishi para construir una historia sobre la atención, el vínculo y los pequeños momentos capaces de cambiarle a una persona los días.