Ghost in the Shell se desarrolla en un Japón de un futuro cercano en el que los cibercerebros, los cuerpos protésicos y las mentes conectadas en red han vuelto la identidad tan fluida como los datos. La Sección 9 de Seguridad Pública, una unidad de élite contra el cibercrimen dirigida por Daisuke Aramaki, se ve arrastrada a casos que van desde la vigilancia encubierta hasta enfrentamientos directos con hackers, terroristas y conspiraciones políticas, todos ellos aprovechando una sociedad en la que los recuerdos, los registros e incluso el propio yo pueden reescribirse en un instante.
En el centro de la franquicia está la mayor Motoko Kusanagi, una agente de campo de gran capacidad cuyo cuerpo totalmente cibernético y sus agudos instintos la mantienen en primera línea de investigaciones tan filosóficas como peligrosas. Junto a los especialistas de la Sección 9, sigue el rastro desde delitos callejeros hasta agendas estatales ocultas e inteligencias artificiales rebeldes, mientras cada misión plantea la misma inquietante pregunta: ¿qué queda de una persona cuando el propio pensamiento puede copiarse, filtrarse o hackearse? A lo largo de las películas y series de Ghost in the Shell, el equipo se enfrenta al poder encubierto del Estado y a amenazas que difuminan continuamente la frontera entre la conciencia humana y la inteligencia de las máquinas.