Kotaro vive solo sigue a Shin Karino, un autor de manga cuya tranquila rutina en solitario se ve alterada cuando Kotarou Satou, un niño de cuatro años, se muda al apartamento de al lado y lo recibe con una caja de pañuelos de papel. Kotarou resulta inquietante precisamente por su aparente normalidad: habla con una formalidad inusual, vive completamente solo y no da ninguna señal de que sus padres o familiares lo estén cuidando. Aun así, se comporta con una calma que hace que la soledad parezca menos una carga que un hecho de la vida cotidiana.
Al principio, Karino no puede evitar preocuparse por el niño. Lo sigue hasta los baños públicos y lo vigila con cautela cada vez que algo le parece extraño, sin saber si el pequeño es simplemente excéntrico o si corre un verdadero peligro. Pero cuanto más tiempo pasa observando a Kotarou, más se da cuenta de que el niño es resistente y está mucho más acostumbrado a la independencia de lo que cabría esperar a su edad. A medida que Karino y los demás residentes del complejo de apartamentos van incorporando poco a poco a Kotarou a sus vidas, el edificio se convierte en un hogar improbable donde los pequeños gestos de amabilidad cobran importancia. A su vez, Kotarou empieza a encontrar algo muy parecido a una familia entre sus insólitos vecinos.