Komi-san wa, Comyushou desu. se centra en Hitohito Tadano, un estudiante de instituto corriente que solo quiere pasar discretamente su primer día de clase. Ese plan se viene abajo cuando lo sientan junto a Shouko Komi, la admirada “madonna” de la escuela, cuya belleza y serenidad la hacen parecer distante e inaccesible. Sin embargo, bajo esa imagen, Komi está abrumada por una ansiedad severa y por un trastorno de la comunicación que hace que una conversación normal sea casi imposible.
Un breve intercambio en la pizarra le permite a Tadano vislumbrar por primera vez su verdadera dificultad, y se convierte en la primera persona que entiende lo que ella está viviendo. A partir de ese momento, la ayuda a acortar la distancia entre ella y el resto de la clase. A medida que su amistad se fortalece, Komi se fija una meta ambiciosa: hacer cien amigos antes de graduarse. A lo largo de la franquicia, la historia sigue sus intentos torpes pero sinceros de conectar con sus compañeros, afrontar las presiones de la vida escolar y abrirse poco a poco con Tadano a su lado, convirtiendo los momentos cotidianos en una comedia suave sobre la empatía, la paciencia y los silenciosos triunfos de sentirse comprendido.