Kokkoku sigue a Juri Yukawa, que ya ha suspendido 19 entrevistas de trabajo en un solo día y ve cómo se le agotan las esperanzas de tener una vida fuera de la casa de sus padres. Vive con su madre trabajadora, Nobuko; su hermano Tsubasa, un NEET; su padre Takafumi, despedido; y su hermana Sanae, que cría sola a su hijo, mientras que la mejor esperanza de la familia para formar a un adulto decente es Makoto, el pequeño sobrino de Juri. Esa frágil rutina se hace añicos cuando Makoto y Tsubasa son secuestrados violentamente por una organización misteriosa y retenidos a cambio de un rescate. Con solo 30 minutos para entregar cinco millones de yenes a los delincuentes, el abuelo de Juri les revela a ella y a Takafumi un secreto peligrosamente poderoso.
Al ofrecer sangre a la piedra mística de su abuelo, los tres son arrastrados a Stasis, una versión oculta del mundo en la que el tiempo se detiene para todos salvo para quienes la utilizan. Una vez llegan a su destino, la operación de rescate se desmorona cuando son atacados por un sorprendente grupo de personas que pueden moverse dentro de Stasis. A medida que el caos se intensifica, aparece un gigante monstruoso conocido como el Heraldo, cuyos motivos e intenciones siguen siendo tan enigmáticos como la naturaleza de este mundo sin tiempo.