Koi to Senkyo to Chocolate se centra en Yuuki Oojima, miembro del Club de Investigación de Alimentos de su instituto, cuya rutina diaria gira en torno a comer tentempiés comprados con el presupuesto que la escuela asigna al grupo. Esa vida cómoda y ociosa se ve amenazada con la cercanía de las elecciones estudiantiles, porque el resultado podría decidir si el club sobrevive o no.
Satsuki Shinonome, una de las principales candidatas y jefa del departamento de asuntos financieros, hace campaña con la promesa de disolver clubes sin mérito como el Club de Investigación de Alimentos y redirigir sus presupuestos a grupos más merecedores. Su popularidad y competencia la convierten en una amenaza formidable, y la elección pronto se transforma en una lucha por el futuro del club.
Con la presidenta del club, Chisato Sumiyoshi, decidida a proteger su lugar en la escuela, Yuuki y el resto del Club de Investigación de Alimentos se ven obligados a pensar más allá de sus habituales tardes de holganza. Lo que comienza como una disputa por la financiación del club se convierte en una prueba de lealtad, ingenio y hasta dónde están dispuestos a llegar para mantener intacto su pequeño mundo.
