En la ciudad de Sugomori, Kiznaiver sigue a Katsuhira Agata, un adolescente reservado que ya no puede sentir dolor. Esa insensibilidad lo ha dejado desconectado emocionalmente del mundo y convertido en un blanco fácil para los acosadores, mientras que su amiga de la infancia, Chidori Takashiro, todavía recuerda al chico que solía ser. Sus vidas dan un vuelco cuando Katsuhira, Chidori, Hajime Tenga, Nico Niiyama, Tsuguhito Yuta y Honoka Maki son secuestrados y arrastrados a un experimento supervisado por Noriko Sonozaki: el Sistema Kizuna. Como Kiznaivers, quedan ligados para compartir el dolor de los demás, de modo que cualquier herida que sufra uno se reparte entre todos.
Lo que comienza como un extraño experimento científico acaba convirtiéndose en una frágil prueba de confianza, empatía y amistad. El dispar grupo se ve empujado a situaciones que dejan al descubierto lo poco que se conocen entre sí, obligándolos a enfrentarse a las inseguridades y la soledad que los han mantenido separados. Mientras intentan comprender el sistema, sus reglas y el ideal de paz mundial para el que fue creado, su vínculo transforma las heridas compartidas en una responsabilidad compartida. Kiznaiver construye su drama en torno a si el dolor puede generar una comprensión genuina y a si estos adolescentes pueden verse transformados por un lazo que nunca eligieron.