Kimikiss pure rouge se centra en Kouichi Sanada y Kazuki Aihara cuando su amiga de la infancia, Mao Mizusawa, regresa de Francia tras pasar un par de años en el extranjero. Kouichi se sorprende al enterarse de que, como los padres de Mao seguirán por el momento fuera del país, ella vivirá en la casa de su familia. Esta situación hace que los tres recuperen la rutina cotidiana que antes compartían, pero la vida en el instituto ya no resulta tan sencilla como lo era antes. La distancia y el tiempo han cambiado su vínculo, y las costumbres de siempre empiezan a adquirir un significado distinto cuando entran en juego los sentimientos románticos.
La historia va más allá de ese trío y se convierte en un romance coral que también sitúa a Eiji Kai, Yuumi Hoshino, Eriko Futami y Asuka Sakino en el centro emocional de la serie. Entre las clases, los encuentros después de clase y la vida en casa, los malentendidos, las vacilaciones silenciosas y las decisiones difíciles ponen a prueba amistades que antes parecían seguras. Los días corrientes, las viejas promesas y los sentimientos difíciles de expresar componen un retrato sobrio de la adolescencia, donde la cercanía puede volverse incierta y crecer significa decidir si el amor puede sobrevivir al riesgo de cambiar aquello que más importa.