Kimi wa Meido-sama. sigue a Hitoyoshi Yokoya, cuya tranquila rutina se ve alterada cuando una misteriosa chica con uniforme de maid aparece en su puerta y le pide que la acoja como sirvienta. Llega con una recomendación de su antiguo amo y admite abiertamente que sus habilidades provienen de un pasado como asesina, lo que la hace tan inquietante como sincera. Hitoyoshi desconfía al principio e intenta rechazarla, pero después de que ella lo salva de un accidente, acepta su oferta y la lleva a vivir con él.
Lo que empieza como una convivencia incómoda poco a poco se convierte en una vida cotidiana compartida. La maid apenas tiene capacidades fuera del letal entrenamiento que perfeccionó desde la infancia, pero Hitoyoshi la acoge sin juzgarla y la anima a dejar atrás ese pasado oscuro y a experimentar una vida normal. Él le da el nombre de Yuki, y ese pequeño gesto se convierte en el punto de partida de su búsqueda de redención, vínculos sociales y una felicidad que nunca esperó encontrar. Mezclando comedia doméstica, confianza y segundas oportunidades, Kimi wa Meido-sama. construye su historia en torno a dos personas que aprenden lentamente a hacer un hogar juntas.