Kikansha no Mahou wa Tokubetsu desu sigue a Desir Herrman, un mago que pasa diez años luchando junto a sus aliados contra el Shadow World y la calamidad conocida como el Shadow Labyrinth. Al final de aquella larga guerra, Desir y sus compañeros se enfrentan al Dragón de la Destrucción, Boromir Napolitan, pero son derrotados mientras su mundo es aniquilado. En lugar de morir junto al resto de la humanidad, Desir abre los ojos trece años en el pasado y regresa al día en que entra en Hebrion Academy, conservando los recuerdos de todo lo que ocurrió antes.
Con ese conocimiento, Desir se propone cambiar el futuro desde dentro de una sociedad clasista que debilita a la humanidad precisamente cuando menos puede permitirse estar dividida. Asignado a la Beta Class, el rango más bajo para los plebeyos, debe demostrar su valía bajo la presión de la elitista Alpha Class mientras reconstruye el equipo que necesitará para las batallas venideras. Su segunda oportunidad lo reencuentra con Romantica Eru, la maga del viento a la que está decidido a salvar, y con Pram Schneider, otro aliado clave en la lucha por evitar la catástrofe. Cada decisión que toma en Hebrion Academy pasa a formar parte de una estrategia más amplia para desafiar el orden establecido, reunir compañeros más fuertes y evitar que el futuro vuelva a repetirse.
