Sakamichi no Apollon se centra en Kaoru Nishimi, un pianista clásico introvertido y alumno sobresaliente que llega a Kyushu para comenzar su primer año de instituto tras haber pasado la infancia cambiando constantemente de lugar. Convencido de que le espera otro año solitario y sin sentido, se mantiene al margen de quienes lo rodean hasta que conoce al conocido alborotador Sentarou Kawabuchi.
El inmenso amor de Sentarou por el jazz inspira a Kaoru a explorar el género y, por primera vez, a entablar una amistad de verdad. Kaoru empieza a tocar el piano en las sesiones de jazz que se celebran después de clase en el sótano de la tienda de discos familiar de su compañera Ritsuko Mukae, donde el trío va forjando poco a poco un vínculo en torno a la música, la juventud y esos pequeños momentos que cambian una vida. A medida que Kaoru descubre el placer de usar su talento musical para disfrutar él mismo y hacer disfrutar a los demás, su verano en Kyushu empieza a sentirse como un crescendo que recordará para siempre.
Sakamichi no Apollon es una entrañable historia de amistad, música y amor que sigue a tres personas singulares unidas por su pasión compartida por el jazz.