En lo más profundo del campo japonés, Kemono Jihen comienza cuando Kohachi Inugami, un detective ocultista, es llamado a una aldea remota por la encargada de una posada local, que busca respuestas sobre una espantosa sucesión de muertes y descomposición. El ganado ha ido apareciendo podrido y mutilado, sin una causa clara, y la investigación, en apariencia tranquila, pronto se vuelve extraña cuando Inugami repara en un niño que trabaja en los campos. El pequeño, apartado de los demás aldeanos y apodado Dorotabou por su hedor, se sorprende cuando el detective lo señala.
Lejos de tratar al niño como un simple testigo, Inugami lo involucra en el caso, aunque los aldeanos los observan con suspicacia. La búsqueda de la verdad detrás de los cadáveres revela la realidad oculta de Kemono Jihen: un mundo en el que seres de aspecto bestial, llamados Kemono, conviven con los humanos. Para Dorotabou, la investigación se convierte en algo más que un misterio por resolver. Es su primera oportunidad real de encontrar un lugar al que pertenecer, descubrir un sitio para sí mismo y entrar en una vida con sentido tras haberse sentido durante tanto tiempo como un marginado.