Kemono Friends está ambientada en Japari Park, un gigantesco zoológico integrado modelado por la misteriosa estrella de arena, donde animales de apariencia humana conocidos como Friends viven en sabanas, bosques y otros hábitats. El parque parece un paraíso indómito, con monumentos y atracciones repartidos por su entorno natural, pero tras su alegre fachada se oculta algo más extraño.
Una tarde, en la sabana, Serval conoce a una peculiar nueva Friend llamada Kaban y enseguida decide ayudarla a buscar la respuesta a qué especie es. Kaban tampoco lo sabe, así que ambas viajan por Japari Park rumbo a la biblioteca del parque, mientras conocen a muchas otras Friends en el camino y las ayudan en su vida cotidiana. Su recorrido enlaza los hábitats del parque, de modo que cada encuentro se convierte en otra pista sobre Japari Park y sus secretos. A medida que avanza su viaje, van descubriendo poco a poco la siniestra realidad que se esconde tras el parque y la naturaleza de su propia existencia.