Kaze ga Tsuyoku Fuiteiru sigue a Kakeru Kurahara, un antiguo corredor estrella del instituto Sendai Josei, que se ve obligado a empezar de cero después de ser sorprendido robando en una tienda de conveniencia y expulsado de ella. Mientras huye, conoce a Haiji Kiyose, un estudiante de la misma universidad, que queda impresionado por la velocidad de Kakeru y lo convence para mudarse a Chikusei-sou, el desgastado edificio de apartamentos donde Haiji vive con otros ocho estudiantes. Tras perder la fianza de su apartamento en una sala de mahjong, Kakeru acepta a regañadientes la oferta y descubre que la destartalada residencia en realidad es el dormitorio del club de atletismo de la Universidad Kansei.
Haiji tiene en mente un sueño mucho más ambicioso: participar en el Hakone Ekiden, uno de los relevos universitarios de maratón más prestigiosos de Japón. El problema es que, salvo Haiji y Kakeru, los residentes son completos novatos en la carrera, y ninguno tiene interés en sumarse a un plan que suena imposible. Con solo unos meses por delante antes del plazo, el estudiante de cuarto año debe convencer a sus compañeros de que entrenen, confíen unos en otros y se conviertan en un equipo capaz de perseguir un sueño muy por encima de su experiencia.