Kaya-chan wa Kowakunai sigue a Kaya-chan, una niña de preescolar cuya caótica reputación ya la ha vuelto famosa entre el personal y los demás niños. Cuando asignan a la señorita Chie para que la vigile, pronto descubre que los problemas que causa Kaya son solo la superficie de algo mucho más extraño. Detrás de su conducta indisciplinada hay una niña cuyas habilidades inusuales pueden convertir las rutinas más corrientes del preescolar en situaciones inquietantes, imprevisibles y peligrosas.
Ambientada casi por completo en el día a día del preescolar, Kaya-chan wa Kowakunai convierte los juegos, la supervisión y el orden del aula en una prueba constante de nervios. Cada momento normal puede volverse una fuente de tensión, y cualquier intento de mantener todo bajo control se complica por la conducta imposible de prever de Kaya-chan. Mientras la señorita Chie intenta entender a Kaya-chan y mantener a salvo a los demás niños, se adentra más en una serie de acción con tintes de terror, construida tanto sobre el misterio como sobre las travesuras.
En el fondo, la historia gira en torno a la relación entre maestra y niña: una lucha por mantener la calma, la otra sigue siendo difícil de comprender. Lo que empieza como una tarea sencilla se convierte poco a poco en un esfuerzo tenso por averiguar de qué es realmente capaz Kaya-chan, mientras la serie conserva su trasfondo de travesuras en el preescolar y su mezcla de miedo, suspense y acción.