Kanokon sigue a Kouta, un chico del campo que deja su hogar para vivir con su abuela y asistir al instituto en la ciudad, decidido a empezar de cero como un estudiante normal. Ese plan se viene abajo casi de inmediato cuando Chizuru, un hermoso espíritu zorro, decide que Kouta le pertenece y se niega a separarse de él. Su persecución implacable es solo la primera señal de que su nueva vida está a punto de verse arrastrada al mundo sobrenatural. Pronto entra en escena Nozomu, un espíritu lobo, y no tarda en aparecer otro yōkai con su propio interés en él.
Entre las clases, las expectativas familiares y la atención constante de espíritus procedentes del mundo más allá del humano, Kouta apenas logra seguir el ritmo de las situaciones absurdas que lo rodean. Lo que debía ser una vida escolar tranquila se convierte en un desfile de malentendidos, choques coquetos y encuentros cada vez más disparatados, con Chizuru avanzando sin descanso, Nozomu complicando las cosas y el resto del elenco sobrenatural haciendo imposible cualquier normalidad. Kanokon combina comedia romántica y travesuras sobrenaturales en la historia de un chico desafortunado que intenta sobrevivir a una vida en la ciudad cada día más extraña.