En Kannagi, el recuerdo de infancia de Jin Mikuriya atrapando insectos y encontrándose con una deidad se convierte en la base de un proyecto escolar de arte llamado The Tree Spirit. Con la intención de llevar la estatua de madera al colegio y pasar el día contemplando su obra, espera nada más que una jornada normal, pero la escultura empieza a absorber la tierra a su alrededor y de pronto estalla en una adorable chica llamada Nagi.
Nagi se presenta como protectora de la tierra e insiste en que Jin la ayude a избавirse de las “impurezas” que afligen la región. Sin embargo, con el árbol de Nagi talado y sus poderes por completo agotados, solo puede purificar esas impurezas con una varita mágica y la poca fuerza que le queda. A medida que la vida de Jin se entrelaza con la suya, ambos se ven envueltos en una sucesión de travesuras cotidianas que poco a poco revelan más cosas sobre Nagi, su extraña condición y el vínculo que se va formando entre ellos. Su peculiar relación convierte la vida diaria en una mezcla de comedia, desconcierto y una cálida serenidad mientras intentan comprenderse mutuamente y entender las fuerzas que rodean a Nagi.