En Kaminaki Sekai no Kamisama Katsudou, Yukito Urabe crece creyendo que el dios omnipotente Mitama responderá algún día a las plegarias de su familia y lo salvará. Con la esperanza de heredar el liderazgo del culto de su padre, participa en un ritual destinado a proclamarlo nuevo jefe de la secta. La ceremonia sale terriblemente mal cuando Yukito se ahoga, pero su muerte se convierte en el primer paso hacia la vida que realmente deseaba: despierta en otro mundo, despojado de dioses, templos y de cualquier noción familiar de la religión.
Allí, Yukito conoce a Aruaru, una chica poco común que lo lleva a su aldea y le permite imaginar, aunque sea por un instante, que esa tierra extraña todavía podría ofrecerle paz. Esa esperanza se derrumba cuando presencia un suicidio colectivo en público y conoce el brutal sistema de fin de vida del país, por el que el gobierno puede ordenar la muerte de los ciudadanos en cualquier momento. Cuando Aruaru y su hermana son detenidas para ser ejecutadas, Yukito intenta salvarlas, pero fracasa. Desesperado, recurre a las enseñanzas de su padre y reza para que Mitama intervenga.
Como respuesta a esa plegaria, una niña desciende del cielo y acaba con todos los responsables, y se presenta ante un Yukito atónito como la propia Mitama. A partir de ahí se desencadena una caótica lucha por sobrevivir, difundir la fe en un mundo sin dioses y convertir los milagros divinos en una fuerza lo bastante poderosa como para desafiar al sistema que lo gobierna.
