Cuando Yui Kusanagi, una estudiante de tercer año de secundaria, descubre una espada misteriosa en el almacén de su casa, de pronto es arrastrada a otro mundo y llevada ante Zeus, rey de los dioses. En lugar de devolverla de inmediato, Zeus le encomienda una tarea aún más extraña: Yui debe ejercer como la única profesora de la Academia de los dioses, una escuela creada para reparar la tensa relación entre dioses y humanos enseñando a sus alumnos divinos el significado del amor y de las emociones humanas. Solo tiene un año para demostrar su valía, y si fracasa, los dioses seguirán atrapados para siempre en el reino de Zeus.
Las aulas de la academia están llenas de jóvenes deidades que prefieren ignorar los asuntos humanos antes que estudiarlos, entre ellos los cinco hombres que Yui conoce primero: Apollon Berea, Hades Idoneus, Tsukito Totsuka, Takeru Totsuka y Balder Hringhorni. Como su profesora, debe guiar a estos alumnos reacios en lecciones sobre la humanidad mientras lidia con el orgullo divino, costumbres desconocidas y la fricción entre la vida mortal y el poder inmortal. Otros dioses a su alrededor, como Thor Megingjord, Loki Laevatein y Dionysus Thyrsos, intensifican las tensiones y rivalidades dentro de la insólita aula de Zeus. Mientras guía a los dioses hacia una mejor comprensión de los seres humanos y los ayuda a crecer como individuos, Yui también aprende más sobre su mundo y sobre el frágil vínculo que aún lo une con el suyo.
