Kaizoku Oujo comienza con Fena Houtman, cuya vida quedó destrozada diez años antes por un naufragio que mató a su padre y la separó de su amigo de la infancia, Yukimaru. Criada en una isla donde su futuro se ha reducido a la explotación, escapa desesperadamente la noche en que debe ser entregada a un cliente. Esa huida vuelve a poner a dos antiguos conocidos en su órbita y la lleva rumbo a la Isla Goblin, un refugio misterioso donde vive un clan de guerreros feroces y donde empieza a salir a la luz la verdad detrás del último viaje de su padre.
En el centro de ese misterio está Eden, el lugar que su padre llevaba buscando y algo importante que juró proteger. Fena también lleva consigo un cristal transparente que la señala como la única persona capaz de encontrarlo. Cuando se reencuentra con Yukimaru, él la anima a seguir adelante, y Fena asume el papel de capitana de una tripulación de siete personas que cruza mares peligrosos. A medida que se acercan grupos extraños y la búsqueda de Eden se vuelve cada vez más peligrosa, deberá confiar en su ingenio, en su tripulación y en el vínculo que comparte con Yukimaru para sobrevivir al viaje.
