Kaiba transcurre en un futuro lejano en el que los recuerdos pueden almacenarse, intercambiarse y trasplantarse como mercancías, de modo que la muerte física deja de ser el final de la existencia de una persona. En este mundo fracturado, los ricos compran nuevos cuerpos y prolongan su vida, mientras que las personas del mundo inferior a menudo se ven obligadas a vender sus propios cuerpos solo para sobrevivir bajo una nube artificial que separa los cielos privilegiados de la miserable superficie de abajo.
Cuando Kaiba despierta en una habitación vacía, sin recuerdos, con un agujero en el pecho y un relicario que contiene la imagen de una mujer desconocida, se ve arrastrado a un viaje por planetas y asentamientos arruinados en busca de su identidad. A medida que empiezan a aflorar fragmentos de una vida que no puede recordar, el camino de Kaiba pasa poco a poco de la recuperación a la comprensión del valor de la memoria, el deseo y el yo. A lo largo del trayecto, la serie sigue su búsqueda de la mujer del relicario y los vínculos, las pérdidas y las contradicciones que definen su pasado. Kaiba convierte esa búsqueda en una fábula íntima de ciencia ficción sobre el amor, la pérdida y lo que significa seguir siendo humano cuando la memoria puede separarse del cuerpo.