Kagerou Project gira en torno al Mekakushi Dan, o la Organización de los Ojos Vendados, un grupo de adolescentes unidos por extrañas habilidades relacionadas con los ojos y arrastrados al verano recurrente que rodea los incidentes del 14 y el 15 de agosto. Shintarou Kisaragi es sacado de su rutina de aislamiento y llevado a un círculo que incluye a su hermana Momo, Tsubomi Kido, Shuuya Kano, Kousuke Seto, Mary Kozakura, Takane Enomoto, Haruka Kokonose y Hibiya Amamiya. Lo que al principio parecen varias vidas separadas va convergiendo poco a poco en un misterio compartido, en el que cada miembro carga con un pasado oculto y ve cómo sus lealtades cambian a medida que se intensifican los extraños sucesos que los rodean.
En lugar de seguir a un único protagonista, Kagerou Project se desarrolla como un relato coral sobre cómo los días corrientes de escuela pueden dar paso a la inquietud sobrenatural, al dolor íntimo y a los vínculos inciertos que se forman entre personas que quizá nunca se habrían conocido de otro modo. La narración alterna entre momentos cotidianos y revelaciones centradas en los personajes, y va mostrando gradualmente cómo los miembros del Dan están conectados con el fenómeno más amplio que hay detrás del ciclo y con la amenazante presencia de Me wo Samasu Hebi. A medida que el misterio se profundiza, la franquicia combina drama de crecimiento, intriga sobrenatural y trasfondo emocional en una historia construida sobre las relaciones, la tensión y la fuerza que sigue arrastrando a todos de vuelta al mismo bucle.
