Juuni Kokuki comienza con Youko Nakajima, una estudiante de secundaria que no desea otra cosa que ser normal. Estudia con empeño, es la delegada de su clase y ayuda a sus compañeros siempre que puede, pero su cabello rojo la hace destacar y la convierte en un blanco fácil. Demasiado confiada y demasiado dispuesta a ceder, nunca ha conseguido forjar amistades capaces de brindarle un apoyo verdadero. Su vida corriente se desmorona cuando Keiki, un elegante hombre rubio procedente de otro mundo, aparece en su aula y se inclina ante ella. La llama su señora y le asegura que el trono de su reino le corresponde, pero la revelación queda interrumpida cuando los youma, bestias de otro mundo, atacan. Keiki huye con Youko a su reino, mientras dos de sus compañeros de clase, Ikuya Asano y Yuka Sugimoto, se ven arrastrados por el caos y se separan de él casi de inmediato.
Atrapados en una tierra extraña donde cualquier error puede resultar fatal, Youko y los demás deben aprender a sobrevivir sin la vida cotidiana que una vez conocieron. A partir de esa violenta llegada, la serie se expande más allá de la primera prueba de Youko y despliega un mundo fantástico más amplio de reinos, cortes y lealtades enfrentadas, incorporando a figuras como Rakushun, Shouryuu, Enki, Taiki, Shoukei y Gyokuyou. A lo largo de esas historias entrecruzadas, Juuni Kokuki sigue la lucha de Youko por comprender por qué fue elegida, soportar las duras realidades de este reino desconocido y decidir en qué clase de persona se convertirá cuando sobrevivir dependa de mucho más que de la obediencia y las buenas intenciones.
