Junketsu no Maria está ambientada en la Francia medieval durante la Guerra de los Cien Años, donde María, una poderosa joven bruja, vive con sus dos familiares y contempla cómo el conflicto arrasa el campo. Horrorizada por el sufrimiento que provoca la lucha entre Inglaterra y Francia, usa repetidamente su magia para detener batallas, proteger a los inocentes y empujar a ambos bandos hacia la paz. Sin embargo, sus acciones llaman la atención del Cielo. El arcángel Miguel es enviado para impedir que interfiera en los asuntos humanos, y advierte a María que perderá sus poderes si pierde la virginidad. Señalada como hereje por quienes temen su influencia, María se niega a dar marcha atrás y sigue desafiando tanto la autoridad divina como la brutal lógica de la guerra.
A medida que la lucha se prolonga, la Iglesia empieza a conspirar contra ella para arrebatarle su magia y poner fin de una vez por todas a sus interferencias. Atrapada entre el juicio angélico, la persecución eclesiástica y una guerra que devora a los indefensos, María se aferra a su convicción de que incluso una bruja puede luchar por la paz, cueste lo que cueste.
