Junjou Romantica sigue tres romances boys-love entrelazados que transcurren en el mismo universo. En el centro está Misaki Takahashi, un estudiante de secundaria que regresa a casa y descubre que su hermano mayor está siendo manoseado por Akihiko Usami, un novelista de gran éxito y mejor amigo de su hermano. Cuando Akihiko pasa a ser el tutor particular de Misaki, la desconfianza de este aumenta al toparse con la más reciente novela boys-love del autor, pero la incómoda cercanía entre ambos acaba convirtiéndose poco a poco en algo mucho más complejo.
La segunda historia se centra en Hiroki Kamijou, profesor universitario de literatura clásica y uno de los amigos de Akihiko, que se está recuperando de un doloroso romance fallido. Cuando está a punto de derrumbarse, conoce a Nowaki Kusama, un estudiante que busca ayuda para un examen próximo. Hiroki se niega repetidamente, pero finalmente acepta darle clases, y ambos comienzan a conocerse mejor.
El tercer romance sigue al joven adinerado Shinobu Takatsuki, quien descubre que su hermana mayor se ha divorciado de You Miyagi, compañero de trabajo de Hiroki. Shinobu decide que quiere salir con Miyagi porque ese hombre le salvó de un robo tres años antes, pero Miyagi no quiere saber nada de él e intenta apartarlo. Aun así, Shinobu se niega a renunciar a lo que cree que es una relación destinada.
A través de estas parejas conectadas, Junjou Romantica presenta comedia, anhelo y melodrama mediante tres historias de amor distintas que, en conjunto, definen la franquicia.