En Josee to Tora to Sakana-tachi, Tsuneo Suzukawa es un estudiante universitario cuya pasión por el buceo y su fascinación por la biología marina lo mantienen centrado en un solo objetivo: ganar suficiente dinero con varios trabajos a tiempo parcial para estudiar en el extranjero. Una noche, un accidente repentino lo saca de su rutina y lo pone en el camino de una chica en silla de ruedas.
La chica es Kumiko, que prefiere que la llamen «Josee». Al principio parece antipática y difícil de tratar, pero Tsuneo pronto se deja convencer por la abuela de Josee para aceptar un puesto remunerado como cuidador de Josee. Acepta el trabajo por motivos prácticos, con la esperanza de seguir ahorrando para su sueño académico, aunque le cuesta lidiar con el carácter autoritario de Josee. Cuando por fin intenta renunciar, descubre que Josee tiene su propio deseo: viajar más allá de los límites de su habitación y conocer el mundo exterior, aun viviendo con una discapacidad que le complica la vida.
Lo que empieza como un arreglo incómodo se convierte en una exploración compartida del mundo que los rodea. A medida que Tsuneo acompaña a Josee en sus aventuras, ambos descubren que aquello que más les frustra puede ser también lo que les ayude a avanzar hacia sus respectivos futuros.