Island transcurre en la remota isla de Urashima, lejos del continente, donde un hombre llega a la orilla sin recordar su nombre ni su lugar de origen. Lo único que recuerda con claridad es que es un viajero del tiempo en una misión para salvar a una cierta joven de un peligro. Cuando cae la noche, conoce a Rinne Ohara, una chica cuyo canto le trae a la mente el nombre «Setsuna», y decide adoptar ese nombre para sí mismo.
Rinne, que conoce a otro Setsuna, lo introduce en su casa como sirviente, con la esperanza de que pueda ser la misma persona que ella recuerda. A partir de ahí, el hombre que se hace llamar Setsuna se ve arrastrado más y más al mundo cerrado de Urashima, donde el folclore local, las tres grandes familias y una enfermedad endémica que impide a quienes la padecen salir a la luz del día marcan la vida cotidiana.
Mientras Setsuna busca la verdad detrás de sus recuerdos perdidos y de la propia Urashima, debe actuar con rapidez para cumplir la misión que lo llevó hasta allí. Sin embargo, cuanto más presencia los problemas de la isla y las tensiones ocultas bajo la superficie, más incierto se vuelve su propósito, y empieza a preguntarse si su desplazamiento en el tiempo no es en realidad solo un intento de alterar el destino de una sola chica.
