Isekai Office Worker sigue a Seiichirou Kondou, un hombre de 29 años tan sobrecargado de trabajo que hacía tiempo que había asumido como normal la vida de esclavo de empresa. Su rutina se hace añicos cuando ve cómo el suelo se abre y se traga a una mujer, y su intento de salvarla arrastra a ambos a otro mundo. Allí descubre que el reino ha convocado a una santa para protegerlo de una plaga, y que él ha quedado arrastrado a la crisis como un espectador involuntario.
El reino intenta compensar las molestias prometiéndole a Kondou una vida cómoda y la satisfacción de cualquier deseo que pudiera tener. Para sorpresa de todos, en cambio pide un trabajo. Kondou pasa entonces a trabajar como contable en el Palacio Real, donde se entrega a su labor con la misma precisión y resistencia que habían marcado su vida en su mundo anterior. Su minuciosa y exacta contabilidad pronto atrae la atención tanto de altos funcionarios como de caballeros, en especial de Aresh Indolark, el frío capitán de los caballeros.
Mientras Kondou se adapta a este nuevo y agotador mundo, se enfrenta a un entorno peligroso que no resulta menos exigente que el que dejó atrás. Sin embargo, incluso en medio de la presión y la incertidumbre, empieza a encontrar consuelo en la compañía de Aresh, y el carácter gélido del caballero podría ocultar más de lo que parece a simple vista.