Inu x Boku SS sigue a Ririchiyo Shirakiin, la hija protegida de una familia célebre que ha pasado su vida amparada por la riqueza y el estatus. Decidida a vivir según sus propias reglas, se muda a Maison de Ayakashi, un complejo de apartamentos apartado y de alta seguridad donde cada residente es inusual de un modo u otro, y donde la propia Ririchiyo es mitad humana y mitad yōkai.
Para vivir allí, a cada residente se le asigna un agente del Servicio Secreto, y el compañero de Ririchiyo es Soushi Miketsukami. Es un apuesto y silencioso guardián que, a primera vista, parece normal, pero resulta desconcertantemente pegajoso y sumiso con ella. Mientras Ririchiyo lidia con su lengua afilada, sus escasas habilidades de comunicación y la incómoda transición al instituto, también tiene que orientarse entre las excéntricas personalidades de Maison de Ayakashi y las complicaciones de compartir su nuevo hogar con vecinos sobrenaturales.
El resultado es una historia construida en torno a la torpeza de la vida cotidiana, los vínculos extraños y la tensión entre la inseguridad íntima y la cercanía forzada de la convivencia en apartamentos. Dentro de Maison de Ayakashi, cada interacción puede convertirse en una prueba de confianza, paciencia y autocontrol.