Hotarubi no Mori e sigue un vínculo silencioso y frágil que comienza un verano y se profundiza con los años. Durante unas vacaciones en casa de su abuelo, Hotaru Takegawa, de seis años, se pierde en un bosque del que se rumorea que está habitado por espíritus. En su angustia, la encuentra Gin, un chico misterioso que lleva una máscara y se ofrece a guiarla fuera.
Su primer encuentro revela de inmediato la regla que rige la existencia de Gin: si un ser humano llega a tocarlo, desaparecerá para siempre. A causa de esa maldición, Gin mantiene a Hotaru a una distancia dolorosa incluso cuando ella se acerca a él aliviada. Hotaru, sin embargo, no logra olvidar la bondad que hay detrás de su actitud reservada, y regresa al bosque pese a su advertencia de que no vuelva jamás.
A medida que pasan las estaciones, Hotaru y Gin siguen viéndose en el bosque, y construyen una relación marcada por la confianza, la contención y la línea imposible entre una niña que crece y un espíritu que no puede compartir su mundo de la misma manera. Hotarubi no Mori e convierte ese vínculo en una delicada historia de amistad, anhelo y de los límites que el destino impone entre ambos.