Hyouka sigue a Houtarou Oreki, un estudiante de primer curso de instituto decidido a llevar una vida gris, sin esfuerzo, y a conservar toda la energía posible. Su tranquila rutina se interrumpe cuando su hermana mayor, Tomoe, le ordena ayudar a salvar del cierre al Club de Clásicos, que se ha quedado sin miembros. Cuando Oreki llega a la sala del club, descubre que Eru Chitanda, también de primer curso, ya se ha unido, y su viva curiosidad acaba arrastrándolo al club contra su propio criterio.
Lo que empieza como una molestia acaba convirtiéndose poco a poco en el centro de la vida escolar de Oreki. A medida que el Club de Clásicos suma cuatro integrantes con la incorporación de sus amigos Satoshi Fukube y Mayaka Ibara, el grupo pasa los días desentrañando los pequeños misterios que se cuelan en la vida cotidiana. Guiados por la insaciable curiosidad de Chitanda, investigan incidentes aparentemente triviales, rumores medio olvidados y pequeños enigmas extraños que revelan cuánta tensión y encanto pueden esconder los días corrientes. Hyouka combina un humor sutil, una observación minuciosa y un drama centrado en los personajes, mientras Oreki se ve obligado a implicarse con las personas y las cuestiones que lo rodean.