En Hyakka Ryouran, una Gran Japón alternativa depende de los Master Samurai, guerreros de élite cuyas lealtades y rivalidades moldean el futuro de la nación. En la Academia Buou, esa tensión se vuelve imposible de ignorar cuando Muneakira Yagyuu entra en una escuela ya marcada por el shogunato Tokugawa, las tradiciones guerreras y las intenciones ocultas de quienes lo rodean. Lo que debería ser una vida estudiantil normal pronto se convierte en una lucha por la lealtad, la protección y el control, mientras las facciones rivales convierten la academia en un campo de batalla de un conflicto político de mayor alcance.
Durante un ataque, aparece Juubei Yagyuu y despierta un poder misterioso mediante un beso inesperado, entrelazando su destino con el de Muneakira y adentrándolo aún más en la historia y la política que rodean a la Gran Japón. A medida que sale a la luz la verdad tras los Master Samurai, Muneakira se ve obligado a moverse entre alianzas frágiles, rivalidades personales y la presión de ponerse del lado de quienes pueden proteger al país. Combinando acción, fantasía e intrigas de corte, Hyakka Ryouran presenta su conflicto central como una batalla por el poder, la identidad y el futuro del reino.