Hundred sigue a Hayato Kisaragi, un chico que sobrevive a un ataque de Savage y descubre que es quien tiene la mayor compatibilidad con Hundred, la única arma fiable de la humanidad contra los monstruos extraterrestres. Esa capacidad poco común lo lleva a Little Garden, una academia militar situada en un acorazado, donde se entrena a los estudiantes para usar el sistema y hacer frente a la amenaza que se cierne sobre el mundo.
La vida en Little Garden es intensa desde el primer momento. Hayato se ve sometido a ejercicios de combate, formación técnica y una competencia constante, mientras intenta adaptarse a una escuela que combina la preparación para el campo de batalla con las tensiones habituales de la vida estudiantil. A medida que se instala, acaba enredado con varias compañeras y se ve involucrado repetidamente en extraños incidentes que alteran la rutina de la academia. Entre clases exigentes, alianzas frágiles y la posibilidad siempre presente de otro ataque de Savage, Hayato tiene que aprender a sobrevivir en Little Garden y demostrar que puede ayudar a defender el futuro de la humanidad.
