Hitorijime My Hero se centra en Masahiro Setagawa, un adolescente desamparado que es acosado por los delincuentes del vecindario y obligado a hacerles recados. Desde hace mucho, ha asumido que nadie acudirá en su ayuda, hasta que se cruza con Kousuke Ooshiba, el temido «Mataosos», un hombre célebre por enfrentarse a las bandas locales y proteger a los débiles a su manera, sin concesiones.
Un año después, Masahiro y su antiguo amigo, Kensuke Ooshiba, empiezan el instituto y descubren que Kousuke ahora es su profesor de matemáticas, convirtiendo un viejo acto de rescate en una incómoda realidad cotidiana. A medida que Masahiro se encariña con el hombre al que empieza a llamar su héroe, el instinto de Kousuke de protegerlo se vuelve cada vez más intenso. Su frágil equilibrio vuelve a tambalearse cuando Asaya Hasekura, amigo de la infancia de Kensuke, regresa y hace imposible ignorar sus sentimientos por Kensuke, revelando un afecto que va mucho más allá de la amistad. Con el trasfondo de la vida escolar, Hitorijime My Hero sigue a estos chicos mientras la confianza, los celos y el deseo van transformando poco a poco sus relaciones.
