Hinamatsuri gira en torno a Yoshifumi Nitta, un miembro de la yakuza cuyo raro momento de satisfacción tras hacerse con un valioso jarrón se ve truncado cuando una extraña cápsula irrumpe en su vida y le cae en la cabeza. Dentro se encuentra Hina, una chica de pelo azul que no revela casi nada sobre sí misma salvo su nombre y su inmenso poder psíquico. Como ese poder debe utilizarse con regularidad o acabará desatándose en una explosión, Nitta se ve obligado a asumir, muy a su pesar, el papel de su protector. Lo que empieza como una molestia de lo más extraña pronto se convierte en una colaboración provechosa: Nitta envía a Hina para ayudar en un trato relacionado con la construcción, la operación sale lo bastante bien como para hacerle pensar que podría resultar útil para sus negocios criminales, y cuando un grupo rival de la yakuza ataca en secreto a su jefe y los propios compañeros de Nitta deciden cargarle a él la culpa, Hina interviene durante la represalia y aniquila al grupo enemigo al completo.
A partir de ese momento, Nitta comprende que Hina puede ser un recurso inestimable, siempre que no dirija esos poderes contra él, y su extraña vida cotidiana pasa a ser una caótica mezcla de violencia, dependencia y humor seco. La serie amplía esa premisa mediante un reparto más amplio que incluye a Hitomi Mishima, Anzu y Mao, y lleva la historia más allá del conflicto inicial con la yakuza sin dejar de mantener a Hina y Nitta en el centro. A lo largo de la franquicia, el caos psíquico y la vida cotidiana más mundana chocan en una comedia construida sobre su incómoda convivencia y los problemas que siguen a Hina allí adonde va.