Hinako Note se centra en Hinako «Hina» Sakuragi, una chica nacida y criada en el campo japonés que se pone tan nerviosa al tratar con gente nueva que se queda paralizada como un espantapájaros. Después de ver una obra de teatro durante una excursión escolar, decide que el teatro podría ayudarla a aprender a hablar con más soltura. Con esa esperanza, Hina se muda a la residencia Hitotose, en la bulliciosa ciudad de Tokio, y se matricula en el instituto Fujiyama con la intención de unirse al prestigioso club de teatro del centro.
Sin embargo, sus planes se vienen abajo nada más llegar: el club de teatro del instituto Fujiyama lleva mucho tiempo inactivo, y Hina ya no sabe qué hacer después de haberse mudado y haber empezado las clases. Chiaki Hagino, la propietaria de la residencia Hitotose, percibe tanto la decepción de Hina como su determinación, y la anima a formar una nueva compañía con las residentes del edificio. Junto a amigas como Yua Nakajima, Kuina Natsukawa y Mayuki Hiiragi, Hina comienza una nueva vida en Tokio mientras aprende los fundamentos de la interpretación, gana confianza en sí misma y encuentra apoyo dentro y fuera del escenario.