High School! Kimengumi se desarrolla en el instituto Ichiou, donde cinco chicos infames conocidos como los Kimen-gumi —Rei Ichidou, Gou Reietsu, Kiyoshi Shusse, Jin Daima y Dai Monohoshi— convierten la vida escolar cotidiana en un desfile de bromas, malentendidos y caos desmedido. Cada miembro aporta una clase distinta de disparate y, juntos, alteran las aulas, los pasillos y cualquier plan que se atreva a ser normal.
Sus travesuras pronto atraen a la estudiante trasladada Yui Kawa y a su amiga Chie Uru, que quedan atrapadas en la órbita del grupo a medida que cobran forma las pandillas rivales de la escuela. Entre ellas destacan el glamuroso Iro Otoko-gumi, liderado por Shou Kireide; el pendenciero Ban-gumi, liderado por You Nihiruda; el atlético Ude-gumi, liderado por Kai Undou, y el duro Onna-gumi, liderado por Jako Amano.
Con la llegada de la primavera, la serie sigue el ritmo vertiginoso de la vida diaria de estos estudiantes y construye una comedia coral basada en rivalidades, enamoramientos y confusiones de aula, impulsada por el choque de personalidades, el movimiento constante y el encanto indómito de los Kimen-gumi.