Cien años después de que desplazamientos catastróficos de placas tectónicas provocaran que la mayor parte de su territorio quedara sumergida, Japón prospera ahora como una nación marítima. Ciudades prósperas y modernas bordean las costas de Japón, y rutas marítimas bien desarrolladas son defendidas por buques navales especializados. La industria marítima florece, y las jóvenes están ansiosas por unirse a las Sirenas Azules —mujeres altamente capacitadas que dedican sus vidas a proteger los mares.
Tras pasar un tiempo separadas, las amigas de la infancia Akeno Misaki y Moeka China se reencuentran en la Yokosuka Girls' Marine High School. Allí se unen a otras que comparten su sueño de convertirse en Sirenas Azules. Pronto comienzan los ejercicios de entrenamiento, y Akeno y Moeka son puestas al mando de sus propios barcos y tripulaciones. Todo marcha sin contratiempos para Akeno mientras se adapta a su papel como capitana y fomenta la camaradería entre sus compañeras a bordo del Harekaze, un destructor. Sin embargo, fallos inesperados en el motor y la navegación pronto dejan su barco varado y a la tripulación en peligro.
High School Fleet sigue a la valiente tripulación del Harekaze mientras navegan por aguas traicioneras y otros obstáculos en su búsqueda por convertirse en Sirenas Azules de pleno derecho.
[Escrito por MAL Rewrite]
