Heavy Object transcurre en un futuro lejano en el que la guerra está dominada por los «Objects», enormes tanques esféricos prácticamente invulnerables a las armas convencionales y equipados con una potencia de fuego abrumadora. En el campo de batalla, estas máquinas deciden el resultado de los conflictos de forma tan absoluta que los ejércitos tradicionales han quedado relegados a funciones de apoyo y las viejas reglas de la guerra casi han desaparecido.
La historia sigue a Qwenthur Barbotage, un estudiante de Diseño de Objects, y a Havia Winchell, un analista de radar de linaje noble, mientras prestan servicio en el 37.º Batallón Móvil de Mantenimiento del Reino Legítimo. Destinados a dar apoyo al Baby Magnum, uno de los Objects de la nación, ambos soldados se ven atrapados en una batalla que sale terriblemente mal y los deja cara a cara con el aterrador poder de un Object enemigo. Obligados a sobrevivir con poco más que su ingenio y su sangre fría, empiezan a poner en duda la certeza de que los Objects garanticen siempre la victoria.
Junto con Milinda Brantini, la piloto del Baby Magnum, y su superior, Frolaytia Capistrano, Qwenthur y Havia recorren el mundo de una crisis a otra. Cada misión lleva a la unidad a otro enfrentamiento que parece imposible, en el que la astucia, el valor y el trabajo en equipo se convierten en las únicas armas capaces de hacer frente a enemigos tan abrumadores como los Objects.