Hanazakari no Kimitachi e sigue a Mizuki Ashiya, una chica que deja Estados Unidos por Japón tras enamorarse del saltador de altura Izumi Sano. En Hanazakari no Kimitachi e, se traslada a la exclusiva academia de Sano con la esperanza de mantenerse cerca de él, solo para descubrir que es un colegio exclusivamente masculino. En lugar de echarse atrás, Mizuki se disfraza de chico, aprende la dinámica de los dormitorios y trata de mantener intacto su secreto mientras se adapta a la vida escolar cotidiana.
Vivir bajo el mismo techo que Sano convierte su enamoramiento en una fuente constante de tensión, sobre todo porque acaba compartiendo habitación con él. Al mismo tiempo, Mizuki quiere entender por qué Sano abandonó el salto de altura y se niega a volver a ese deporte, incluso mientras se acerca a los compañeros que poco a poco la acogen en su círculo. El médico de la escuela, Hokuto Umeda, pronto empieza a sospechar que algo no encaja en su disfraz, lo que incrementa la presión sobre ella. Entre sus sentimientos por Sano, sus vínculos con los demás estudiantes y el riesgo de ser descubierta, Mizuki se ve arrastrada cada vez más al turbulento torbellino romántico y emocional de la academia.
