Hamatora transcurre en Yokohama, donde existen milagros en forma de “Minimums”, habilidades sobrenaturales que solo despiertan en unos pocos elegidos. Esas personas dotadas, conocidas como portadores de Minimums, viven en una ciudad que considera sus poderes tanto un recurso como una amenaza. En el centro de la historia está Yokohama Troubleshooting, la agencia de detectives más conocida como Hamatora, dirigida por el dúo de investigadores con Minimums, Nice y Murasaki, desde una mesa solitaria en Cafe Nowhere. Junto con sus compañeros de trabajo, se encargan de encargos variados y casos locales que a menudo parecen menores hasta que dejan ver lo peligrosa que puede ser la vida para quienes poseen habilidades que los distinguen.
Su rutina se rompe cuando una serie de asesinatos empieza a cobrar la vida de portadores de Minimums uno tras otro, lo que atrae la atención de Art, un agente de policía y viejo amigo de la agencia. Lo que comienza como una sucesión de muertes aisladas se convierte en una investigación de mayor alcance, que empuja a Nice y Murasaki a descubrir vínculos ocultos entre las víctimas y la fuerza que está detrás de los asesinatos. A lo largo de la franquicia, Hamatora combina un ingenio ágil y una labor detectivesca discreta con un conflicto a escala de ciudad sobre el poder, la identidad y la lealtad.
