Hakata Tonkotsu Ramens transcurre en Fukuoka, una ciudad que a primera vista parece ordinaria, pero que oculta un denso submundo de sicarios, detectives, informantes y personas que se ganan la vida con la venganza. En el centro de ese mundo está Zenji Banba, un detective desenfadado pero de mirada aguda que pasa sus días investigando las actividades de empresas rivales de asesinos a sueldo. En las mismas sombras se mueve Xianming Lin, un sicario masculino travestido que trabaja para uno de esos grupos y que está cada vez más harto de la escasez de trabajo y de la miserable paga que ello conlleva.
Los problemas comienzan cuando el objetivo actual de Lin se suicida antes de que pueda completar el encargo, y su empresa se niega a pagarle siquiera la mitad prometida. Enfadado y en busca de una nueva asignación, Lin recibe en cambio la orden de eliminar a Banba, a quien sus jefes sospechan de interferir en sus negocios. Pero cuando Banba aparece en la casa de Lin y encuentra allí al sicario esperándolo, Lin toma una decisión inesperada: se niega a matarlo y le ofrece otro camino, pidiéndole al detective que se una a él para formar un equipo.
A partir de esa alianza incómoda, Hakata Tonkotsu Ramens se sumerge aún más en el ecosistema criminal de Fukuoka, donde viejos rencores, contratos y lealtades cambiantes pueden alterar el equilibrio de poder en un instante.