Haibara-kun no Tsuyokute Seishun New Game se centra en Natsuki Haibara, un estudiante universitario de último curso con ansiedad social cuya vida cambia cuando es lanzado de repente siete años al pasado, aterrizando un mes antes de su primer día de instituto. Con una segunda oportunidad para vivir su adolescencia, se niega a repetir los errores que antes lo dejaron aislado y trata de construir un futuro distinto desde cero. En lugar de dejarse llevar por esos mismos años dolorosos, Natsuki se dedica al ejercicio, lee libros de autoayuda y se apoya en un amigo de la infancia mientras aprende a afrontar la escuela, la amistad y las pequeñas decisiones cotidianas que antes lo desbordaban.
Mientras Natsuki trabaja por cambiar su manera de afrontar la vida cotidiana, la serie utiliza su premisa de reinicio para seguir su esfuerzo gradual por convertirse en alguien capaz de avanzar sin quedar definido por el arrepentimiento. Cada paso pone a prueba no solo si el pasado puede alterarse, sino también si una persona puede cambiar de verdad junto con él. En el fondo, Haibara-kun no Tsuyokute Seishun New Game es una historia sobre el crecimiento, la resiliencia y la esperanza, siempre incierta, de que una adolescencia distinta pueda conducir a una vida distinta.