.hack//SIGN se desarrolla en The World, un extenso MMORPG en el que Tsukasa despierta sin recordar con claridad cómo llegó allí y sin forma de cerrar sesión. Aislado y desorientado, este joven maestro de ondas deambula por las ciudades y los campos del juego tratando de reconstruir quién es y por qué el mundo a su alrededor parece tan inestable. Su situación llama pronto la atención de los Caballeros Carmesí, que empiezan a sospechar que el chico podría ser un hacker cuando se le ve viajando con un personaje modificado con forma de gato.
Mientras Tsukasa busca respuestas, el misterio no hace sino profundizarse. Un objeto mágico que adopta la forma de un guardián lo protege de cualquier daño, pero también lo vuelve aún más llamativo dentro de The World. Subaru, líder de los Caballeros Carmesí, y otros jugadores que se cruzan con Tsukasa empiezan a investigar la causa de su incapacidad para cerrar sesión, con la esperanza de entender si su caso es una anomalía aislada o una señal de algo que podría amenazar la estabilidad de The World. La serie sigue su creciente aislamiento, la frágil confianza que entabla con unos pocos jugadores clave y la delicada frontera entre la compañía y la desconfianza en un lugar donde las reglas ya no parecen fiables.
