Green Green se sitúa en Kanenone Gakuen, un internado masculino en el campo japonés, donde la vida se ha vuelto insoportablemente aburrida porque no hay alumnas en kilómetros a la redonda. Para hacer frente a la tensión social y psicológica, la junta del centro organiza un experimento audaz: Kanenone se fusionará con el internado femenino más cercano y se convertirá en mixto. Los chicos están encantados con la idea, mientras que las chicas sienten curiosidad por cómo sería la vida escolar con chicos cerca. Antes de que se tome una decisión definitiva, se invita a las chicas a quedarse en Kanenone durante un mes como prueba.
En el centro del caos están Yuusuke Takazaki y sus traviesos compañeros de habitación, el trío Baka (Idiota), que deben apañárselas para convivir con las nuevas alumnas sin hacer el ridículo por completo. Cuando las chicas llegan en el autobús escolar, el ambiente se vuelve de inmediato raro, cargado de hormonas y disparatado. Una chica en particular, Midori Chitose, salta del autobús y abraza de inmediato a un Yuusuke completamente desconcertado, lo que hace que todos se pregunten si es un donjuán nato o si ambos comparten un pasado del que él aún no es consciente.
