God Eater se sitúa en el Lejano Oriente en el año 2071, cuando la humanidad ha sido llevada al borde de la extinción por monstruos antropófagos llamados Aragami. Nacidas de las células Oracle e inmunes al armamento convencional, estas criaturas han asolado la tierra, devorado casi todo lo que encontraban a su paso y dejado a los restos de la civilización luchando por sobrevivir noche tras noche. En un último intento desesperado por salvar a la humanidad, la organización Fenrir creó a los God Eaters, humanos especiales imbuidos de células Oracle capaces de empuñar God Arcs, las únicas armas conocidas capaces de matar a un Aragami.
Uno de esos God Eaters es Lenka Utsugi, un New-Type cuyo God Arc puede adoptar tanto la forma de una espada como la de un arma de fuego. Al combatir junto a soldados de Fenrir como Alisa Ilichina Amiella, Lenka se convierte en una de las mayores armas de la organización, pero deberá dominar su God Arc si quiere cumplir su deseo de erradicar a los Aragami de una vez por todas. Mientras los monstruos siguen naciendo en masa y la civilización urbana continúa al borde del colapso, solo los God Eaters se interponen entre los Aragami y la aniquilación total de la raza humana.
