En Gleipnir, Shuuichi Kagaya es un estudiante de secundaria corriente que esconde un secreto imposible: puede transformarse en un monstruo poderoso. Ha pasado la vida ocultando esa capacidad, pero todo cambia cuando salva a Claire Aoki de un edificio en llamas y ella descubre exactamente de lo que es capaz. En lugar de desenmascararlo, Claire chantajea a Shuuichi para que trabaje con ella, y ambos se ven obligados a formar una incómoda alianza basada en la desconfianza, la necesidad y una atracción compartida por lo desconocido.
Mientras buscan respuestas, Gleipnir se adentra en un mundo oculto de poderes extraños, rivales peligrosos y otras personas vinculadas al mismo misterio. Lo que comienza como una alianza a regañadientes se convierte poco a poco en una tensa investigación sobre las criaturas que encuentran y las fuerzas que las controlan, mientras Shuuichi lucha por proteger su identidad y Claire sigue persiguiendo la verdad sobre su hermana desaparecida. Con una mezcla de terror, acción y tensión psicológica, la serie sigue a dos compañeros recelosos mientras se mueven por un oscuro mundo secreto en el que cada nuevo descubrimiento tiene un precio y cada paso que los acerca a la verdad también los acerca al peligro.